Precalienta el horno a 200C (400F) y prepara una placa para magdalenas con moldes de papel o de aluminio.
En un bol grande, mezcla la harina, el azúcar, el cacao en polvo y el bicarbonato.
En otro bol, bate el yogurt, la leche, el aceite, el huevo y el extracto de vainilla hasta que la masa esté suave.
Vierte la mezcla de ingredientes húmedos en el bol de la harina y mezcla suavemente con una espátula hasta que todo se haya integrado.
Añade ¾ taza de pepitas de chocolate dentro de la masa y revuelve suavemente un par de veces para incorporar.
Coloca la masa en los moldes para magdalenas, llenando hasta ¾ partes de cada uno. Esparce por encima el resto de las pepitas de chocolates.
Hornea durante 20 a 22 minutos, hasta que, al insertar un palillo en el centro de la magdalena, salga limpio.
Retira la placa del horno y deja que se enfríen (sin sacarlas de la placa) durante 10 minutos. Luego, retira las magdalenas y déjalas enfriar completamente en una rejilla o sobre la encimera.